A nave tem acesso por uma porta axial e por uma porta lateral do lado do evangelho. No interior, junto à primeira, do lado da epístola, há uma pia de água benta circular embutida. À direita da segunda, está embutida uma pia de água benta circular, com relevos decorativos no exterior. Na parede lateral do lado do evangelho há uma lápide com a inscrição: "DEUM COLENTI STAT SUA MERCES / AOS DESVELADOS PROTECTORES DO CULTO E CONSERVAÇÃO / D’ESTA ERMIDA NA SA D AJUDA / EXMOS COMENDADOR MANOEL SIMAS / E CONSORTE D. IZABEL MARIA DA SILVEIRA SIMAS / A JUNTA DE PAROCHIA DE SANTA CRUZ DA ILHA GRACIOSA / MANDOU ERIGIR ESTA LAPIDE COMO SINGELO TESTEMUNHO E PREITO DE GRADIDÃO / PELOS VALIOSOS DONATIVOS POR SUAS EXAS FEITOS ENTRE OUTROS / MANDANDO RESTAURAR A VENERADA IMAGEM DA VIRGEM / REPARAR A ERMIDA E RECONSTRUIR O ADRO E O CAMINHO / QUE NO CRUZEIRO A ELLA CONDUZ PERDURAVEL EXEMPLO / DE PIEDADE E DE VERDADEIRO AMOR DA PATRIA DIGNO DE SER SEGUIDO / GRACIOSA 22 DE DEZEMBRO DE 1898". Na parede oposta há uma lápide com a inscrição: "MEMORIA DA VISITA PASTORAL QUE O / EXMO E REVMO SR~. D. FRANCISCO MARIA DE SOUZA DO PRADO DE LACERDA, / VENERANDO E ILLUSTRADO BISPO D’ESTA DIOCESE, FEZ / NO DIA 2 DE OUTUBRO DE 1890 A ESTE SANCTUARIO E CAPELLAS ANNEXAS; / DESCANÇANDO NA CASA DOS ROMEIROS, ONDE LHE FOI SERVIDA UMA LIGEIRA REFEIÇÃO; / PASSANDO O RESTO DO DIA EM AGRADÁVEL SOCIEDADE/ D’ALGUNS SACERDOTES E CAVALHEIROS DE SANTA CRUZ; / GOSANDO O VARIADO PANORAMA QUE D’ESTE PITTORESCO MONTE DE DISFRUCTA, / E QUE SUA EXA VERDADEIRO AMADOR, TANTO APRECIOU. / PARA PERPETUAR TÃO FAUSTO ACONTECIMENTO / O COMMENDADOR MANUEL SIMAS / E O VIGARIO DE SANTA CRUZ THEOTONIO MARTINS PAMPLONA / MANDARAM COLLOCAR ESTA LAPIDE COMMEMORATIVA". Do lado da epístola, há um púlpito em madeira, acessível por uma escada também em madeira que se inicia junto ao arco triunfal. O arco triunfal é de volta inteira assente em impostas e tem pés-direitos com base e plinto salientes. O intradorso do arco e dos pés-direitos é moldurado. A parede que enquadra o arco é revestida a azulejos rococó, azuis e brancos, com a inscrição sobre o fecho "HE ACENSÃO DA SRA / QE CELEBRA EM 15 DE AGOSTO". O tecto da nave é de três esteiras pintado de branco. A capela-mor, de planta quadrada, é ligeiramente mais estreita que a nave e tem as paredes laterais revestidas a azulejos rococó azuis e brancos. Do lado da epístola tem uma porta rematada em arco quebrado, na moldura da qual (chanfrada) se lêem as seguintes inscrições realizadas com pedaços de azulejos: "M.M.S." na ombreira esquerda, "A 1751" na zona do fecho e "DRPN" na ombreira direita. Na parede do fundo há um retábulo revivalista. É coberta com uma abóbada de nervuras tardogótica (manuelina) com as chaves em forma de florão, à excepção de duas que têm pedras de armas. Uma das pedras de armas está rodeada por uma inscrição (ilegível).
A sacristia é elevada em relação à capela-mor por dois degraus. Tem um lavabo em pedra, com um poial estreito e uma pedra rectangular, embutida na parede, com uma carranca a eixo por onde sairia a água. É rematado por um triângulo com um pequeno nicho ao centro encimado por uma cruz.
O imóvel é construído em alvenaria de pedra rebocada e pintada de branco, excepto as molduras dos vãos, algumas pedras dos contrafortes, alguns cunhais, as cornijas e o remate superior das banquetas que são em cantaria à vista. No interior, as pias de água benta, o arco triunfal, a abóbada da capela-mor e o arco quebrado também são em cantaria à vista. A cobertura da nave é de duas águas. A cobertura da capela-mor, pseudo-cónica, é rematada por um pináculo e rebocada e caiada.